Если организация встала на учет по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения, то перечислять НДФЛ и представлять расчет 6-НДФЛ следует по месту учета каждого такого обособленного подразделения. Если же все филиалы находятся в одном муниципальном образовании (или городе федерального значения), но на территориях, подведомственных разным налоговым инспекциям, и состоят на учете по месту нахождения одного из них, то перечислять налог с доходов работников этих подразделений и подавать расчеты 6-НДФЛ нужно по месту учета такого обособленного подразделения. Об этом проинформировала ФНС России в письме от 05.10.16 № БС-4-11/18870@.
[…]